آثار تاریخی ساخته شده یا وقف شده برای حرم مطهر پس از استفاده، طی سده‌های گذشته در خزانه نگه‌داری می‌شده و سیاهه‌های اموالی موجود در بخش نسخ خطی آستان قدس نشان دهنده فهرست برداری منظم کارگزارن در دوره‌های گذشته می‌باشد.
در سال 1315 شمسی اتاق‌های فوقانی شمال غربی صحن نو (آزادی) و جنوب شرقی صحن کهنه (انقلاب اسلامی) که به یکدیگر متصل بوده به خزانه و محل نگه‌داری اشیاء اختصاص یافت. دفتر یادداشت مراجعان نشان می‌دهد که این مجموعه از سال 1316 تا 1321 ش. مورد بازدید بسیاری از فرهیختگان و مقامات ایرانی و مستشرقین خارجی قرار گرفته است.
گنجینه قرآن و نفایس موزه مرکزی آستان قدس نخستین و غنی ترین موزه قرآن جهان است که 76 نسخه قرآن و جزوات قرآنی خطی نفیس در این گنجینه در معرض بازدید عموم قرار گرفته است.
و شاید این نسخ خطی و اشیاع٬ با ارزش‌ترین گنجینه و ثروت آستان قدس رضوی باشد.
قرآن‌های منسوب به امام علی(ع)، امام حسن(ع)، امام حسین(ع)، امام سجاد(ع) و امام رضا(ع) و چهار نسخه دیگر از قرآن و جزوات قرآنی منسوب به ائمه اطهار(ع)، از شاخص‌ترین قرآن‌های به نمایش درآمده در گنجینه قرآن و نفایس موزه مرکزی آستان قدس رضوی به شمار می‌روند.
محمدرضا ساقی، مسئول گنجینه قرآن و نفایس موزه مرکزی آستان قدس رضوی٬ قرآن منسوب به دستخط مبارک امام علی(ع) را قدیمی‌ترین قرآن این گنجینه از نظر کتابت دانست و اظهار کرد: این قرآن و قرآن‌های منسوب به دستخط امام حسن(ع) و امام حسین(ع) به خط کوفی و بر روی پوست آهو کتابت شده‌اند و در سال 979 شمسی شاه عباس اول صفوی با وقفنامه‌ای به خط شیخ بهایی آن را وقف آستان قدس رضوی کرد.
ساقی با بیان اینکه قرآن‌های منسوب به دستخط مبارک امام‌رضا(ع)، امام سجاد(ع) و سایر قرآن‌های منسوب به ائمه اطهار(ع) نیز به خط کوفی و بر روی پوست کتابت شده است، ابراز کرد: اغلب قرآن‌های منسوب به ائمه اطهار(ع) توسط شاه عباس اول صفوی وقف آستان‌قدس رضوی شده که وقفنامه آن‌ها نیز به دستخط شیخ بهایی است.
