در جنگ صفین پس از برنیزه‌کردن قرآن‌ و پیشنهاد رجوع به حکم قرآن از سوی سپاه معاویه، سپاه امام خواستار حکمیت شدند. امام و برخی یاران مخالف حکمیت بودند.[1]

بنابر پاره‌ای روایات، خوارج هنگام جنگ صفین و پیش از واقعۀ حکمیت، در سپاه علی بن ابی طالب (ع) حضور داشتند.[2] تاریخ‌نویسان معمولا ظهور آنان را پس از حادثۀ حکمیت می‌دانند. پاره‌ای روایات نیز ظهور خوارج را پس از اعلان رأی حکمین دانسته‌اند.

در خلال شکل‌گیری توافق بر سر حکمیت، از هم پاشیدگی ائتلاف حامیان علی(ع) آغاز شد.[3] در بازگشت به کوفه، سپاه علی (ع) به دو گروه موافقان و مخالفان حکمیت تقسیم شدند. درحالی‌که مخالفان حکمیت شعار «حکم کردن جز برای خدا نیست» (لا حکم الا الله) می‌دادند و موافقان را متهم به بدعت می‌کردند، موافقان حکمیت، مخالفان را متهم به خارج شدن از صف امام و امت می‌کردند. بدین ترتیب دوازده هزار مرد که مخالف حکمیت بودند از سپاه علی(ع) جدا شدند و در حرورا تجمع کردند. آنها شبث بن ربعی را به فرماندهی نظامی و عبدالله بن کواء را به امامت جماعت برگزیدند. بسیاری از آنها موافقان اولیۀ متارکۀ جنگ و حکمیت بودند که اکنون به اشتباه خود پی برده بودند. آنها متعهد شدند پس از پیروزی برای انتخاب خلیفۀ شورا تشکیل دهند.[4]

خوارج در پاسخ گفتند: «هر حکمی که از طرف خدا تعیین شده است نباید به داوری و حکمیت سپرده شود.

حضرت علی (ع)که گرفتار نافرمانی خوارج شده بود، ابتدا پسر عمویش عبدالله بن عباس را به نمایندگی خود برای مذاکره برگزید و به حرورا فرستاد؛ سپس خودش شخصاً برای بحث به آنجا رفت. استدلال‌های خوارج به طور خلاصه این بوده است: «وقتی ما خون عثمان را ریختیم، بر حق بودیم. چون او بدعت در دین آورده بود. به همین ترتیب وقتی خون طلحه و زبیر و هوادارانشان را ریختیم نیز بر حق بودیم. چون آنها شورشی بودند. همچنین وقتی که خون یاران معاویه و عمروعاص را ریختیم نیز بر حق بودیم، چون آنان از حدود کتاب خدا و سنت پیامبر تجاوز کرده بودند. حال مگر حکم جدیدی از آسمان برای علی(ع) نازل شده است که رویکردش را عوض کند؟ نه. پس وی باید بر همان مسیری که در ابتدا بود ثابت قدم بماند و جنگ را ادامه دهد و حکمیت را رد کند.» ابن‌عباس آیات 39–35 سورۀ نساء و آیات 3–1 سورۀ مائده را که در مورد تعیین حکم در مواقع خاص بود، به آنان یادآوری کرد که بی فایده بود. خوارج در پاسخ گفتند: «هر حکمی که از طرف خدا تعیین شده است نباید به داوری و حکمیت سپرده شود. خدا احکامی را قرار داده که باید در مورد گروه ستمکار و متجاوز (فئه الباغیه) اجرا شود؛ چرا که او در آیۀ 9 سورۀ حجرات می‌فرماید: اگر دو گروه مومنان با یکدیگر وارد جنگ شوند، بین آن دو صلح برقرار کن. اگر گروهی از آن دو بر شورش خود اصرار داشت، با آن گروه شورشگر بجنگ تا در برابر حکم خدا سر تعظیم فرود آورد. آیا معاویه و عمرو و هوادارانشان جزو فئه الباغیه نبودند؟» حروریان در ادامۀ استدلال‌های خود به آیۀ 40–39 سورۀ انفال اشاره کردند: «با آنها پیکار کن، تا وقتی که فتنه‌ای وجود ندارد و دین از آن خداوند است. آیا معاویه و یارانش از خدا تبعیت می‌کردند؟ پاسخ طبعاً منفی است. پس خدا حکم خود را در این مورد اعلام نموده است و باید اجرا شود. این یکی از حدود الهی است و باید مانند دیگر حدود مانند حد زناکار یا دزد اجرا شود. انسان در موردی که خدا حکمش را داده حق داوری ندارد (لا حکم الا لله)».[5]

سپس امام خود به حروراء رفت و با آنان سخن گفت که در نتیجه بیشترشان از جمله عبدالله بن کواء یشکری، شبث بن ربعی و یزید بن قیس ارحبی که از سران آنان بودند، به کوفه بازگشتند.[6]

امام علی (ع) داوری حکمین را مغایر حکم قرآن دانست و بار دیگر برای جنگ با معاویه آماده شد.

خوارج بار دیگر در کوفه سر به مخالفت برداشتند و همۀ کسانی را که حکمیت را پذیرفته بودند و علاوه بر آن، هرکسی که علی را کافر نمی‌دانست،‌ کافر شمردند.[7] آنان نه فقط حَکَمین،‌ بلکه وجود حاکم اسلامی را رد کردند.[8] آنان در اماکن عمومی خصوصا مسجد کوفه، به مخالفت صریح با حکمیت، متهم کردن امام به کفر و حتی تهدید او به قتل و سر دادن شعار در حین خطابۀ امام می‌پرداختند و سعی می‌کردند او را از فرستادن هیئت حکمیت منصرف و به ادامۀ جنگ متقاعد کنند. با این حال امام با آنان مدارا کرد و تا آنان به جنگ و خونریزی روی نیاوردند، با آنان نبرد نکرد.[9]

مذاکرات تحکیم در شعبان یا رمضان 37 ق میان ابوموسی اشعری و عمرو بن عاص صورت گرفت. عمرو، ابوموسی را فریفت. بدین گونه کار حکمیت بدون نتیجه خاتمه یافت.[10] امام علی (ع) داوری حکمین را مغایر حکم قرآن دانست و بار دیگر برای جنگ با معاویه آماده شد. آن حضرت در نامه‌ای به عبدالله بن وهب راسبی و یزید بن حصین، دو تن از سران خوارج و همراهان‌شان که در نهروان گرد آمده بودند، اعلام کرد که حکمین طبق قرآن داوری نکرده‌اند و از آنان خواست برای جنگ با دشمن به او بپیوندند. آنان از امام خواستند به کفر اعتراف و از آن توبه کند وگرنه از او دوری خواهند کرد. پس از اعلام رأی حکمین، خوارج در مخالفت با امام سرسخت‌تر شدند.[11]

خوارج در برابر حضرت علی (ع) ایستادند و او را به قتل رساندند و فرصت حکومت را برای معاویه مهیا کردند.

خوارج در 10 شوال با عبدالله بن وهب به عنوان امیر بیعت و دربارۀ خروج از کوفه و حضور در نهروان توافق کردند.[12] خوارج در مسیر حرکت، مردم بی‌گناه را کشتند. امام پس از دعوت آنان به حق و اتمام حجت، ناگزیر به جنگ با آنها شد و در جنگ نهروان در سال 38، بیشتر آنان را از میان برداشت. گروهی از آنان به ریاست فروه بن نوفل به علت تردید در رویارویی با امام، از همان آغاز از جنگ کناره گرفتند.[13] شمار خوارج را از 4 هزار تا 16 هزار، و در روایتی مبالغه‌آمیز 24 هزار تن نوشته‌اند.

با وجود پیروزی امام علی (ع)، خوارج به مثابه جریانی سیاسی، فکری و نظامی برقرار ماندند. امام، شیعیان را از جنگ با خوارج پس از خود نهی کرد.[14]

خوارج در برابر حضرت علی (ع) ایستادند و او را به قتل رساندند و فرصت حکومت را برای معاویه مهیا کردند.[15] خوارج خواهان ادامۀ جنگ با معاویه بودند و به صف سپاهیان امام حسن (ع) پیوستند.[16] آنها پس از صلح امام حسن (ع)، مبارزه و جنگ با معاویه و امویان را ادامه دادند.[17]

معاویه به علاوه بر سرکوب، با خرج کردن پول‌های فراوان و به کار گرفتن علما و محدثین خائن، حتی توانست روی خوارج هم اثر بگذارد.

پس از انتقال خلافت به معاویه در سال 41 ه.ق، خوارج علیه معاویه و امویان قیام کردند. طی جنگی که بین خوارج و معاویه روی داد، خوارج شکست خوردند. در سال 43 ه.ق این گروه با رهبری مستورد بن علّفه خارجی در عراق شورش کردند و با مغیره بن شعبه، والی کوفه جنگیدند. در سال 58 ه.ق که زیاد فرمانروای مطلق عراق بود، گروه زیادی از خوارج کشته شدند.

معاویه به علاوه بر سرکوب، با خرج کردن پول‌های فراوان و به کار گرفتن علما و محدثین خائن، حتی توانست روی خوارج هم اثر بگذارد. آ‌نها در آغاز معاویه را همانند امیرالمومنین (ع) کافر می‌دانستند و می‌گفتند او هم باید از بین برود. اما معاویه چنان رفتار کرد که خوارج هم به نوعی مدافعان او شدند! شمر اصلا از خوارج بود اما مدافع سرسخت حاکمیت اموی ‌شد. در روز عاشورا هم نقل‌هایی داریم که تعدادی از خوارج  در راه یزید و تثبیت خلافت او با امام حسین(ع) ‌جنگیدند.

کوفه و بصره از پایگاه‌های اصلی خوارج در آغاز ظهور آنان بود.[18] شمار خوارج بصره بیشتر از کوفه بود. بسیاری از خوارج کوفه در گفت‌وگو با امام علی (ع) به سوی امام بازگشتند.[19] پس از آن خوارج در شهرها و نواحی بسیاری پراکنده شدند. برخی از مناطق استقرار آنان در نیمۀ نخست سدۀ چهارم عبارت بود از نواحی مختلف ایران، عمان، بحرین، حضرموت، پاره‌ای نواحی یمن مانند خولان و زبید و صنعاء، زنگبار، شمال آفریقا و بعضی نواحی مغرب اسلامی همچون تاهرت و سجلماسه.[20] فرق خوارج در طول تاریخ منقرض شدند و تنها اباضیه که آرای آنان به عقاید سایر مسلمانان نزدیک است، در عمان، سیوه، حضر موت، جربه، زنگبار، طرابلس غرب و الجزایر همچنان وجود دارند.[21]